범선 이벤트에 당첨되었다가 태풍을 만나 난파된 노빈손. 눈을 뜬 곳은 1604년의 해적선 벼락부자호 갑판이었다. 너무나 허기진 노빈손은 빨강머리 주방장 다태우스가 주는 음식을 아무 생각 없이 받아먹는다. 그러나 그 음식은 육두구. 1604년 당시 거대한 궁전을 살 수 있을 정도로 값비싼 향신료였던 것이다.

구린데용 선장과 해적들은 그 사실을 알고 노빈손을 죽이려 했으나 그들의 오랜 숙원이던 보물지도의 암호를 풀어 노빈손은 가까스로 목숨을 건진다. 그러나 당장 보물섬으로 갈 돈이 필요해진 해적들은 똑똑한 노예만을 산다는 내알라도 여왕에게 노빈손을 팔아넘긴다.

보물을 찾아나선 거친 해적들과 생활하며 노빈손은 대항해 시대에 숨겨진 역사의 비밀을 엿보기도 하고, 바다사나이들의 끈끈한 우정과 의리를 경험하기도 한다. 또한 유럽 중심의 사관으로 역사를 배워 온 노빈손은 이 모험을 통해 왜곡된 세계의 역사를 바로 보게 된다.

'해골보다 으스스한 진짜 해적 이야기'에선, 대항해 시대를 누빈 해적들은 과연 어떻게 생겨나게 된 것인가, 해적의 약탈품 속에 감춰진 역사의 비밀, 해적 깃발 속에 숨겨진 의미, 프랑스 등 유럽국가들이 해적 활동을 허락한 사연 등에 대해 이야기하고 있고, '와우 내알라도 여왕의 X-파일'에서는 세계를 놀라게 한 대항해 시대의 이슬람 문명과 대항해 시대를 압도한 중국인 정화의 모험을 다루고 있다.

- 프롤로그

1부. 해적선 벼락부자호
해마 인간 노빈손 / 또다시 시간 속으로 / 니들밥 다태우스 / 내가 사형이라고? / 얀 넘 구린데용 선장 / 황금보다 값비싼 향신료, 육두구
: 대항해 시대를 누빈 해적의 정체
살고 싶으면, 암포를 풀어라 / 솔로몬의 해골 / 노예냐, 해적이냐 그것이 문제로다
: 해적의 약탈품 속에 감춰진 역사의 비밀
눈물뿐인 해적 체험 / 소가죽 신발로 된 육포 / 엽기 해적 다태우스
: 해적 깃발에 숨겨진 의미

2부. 비밀의 도시 알 조아라
물의 도시 알 조아라 / 선박 수리 / 다태우스의 정체 / 나클래용의 꿈 / 유레카 소동 / 내알라도 여왕의 궁전 / 말숙이를 빼다박은 내알라도 여왕 / 물고기를 죽이지 않고 물을 끓이는 방법
: 해적 면허증이 있었다고?
수정구슬이 들어 있는 상자 / 내알라도 여왕의 정체
: 세계를 놀라게 한 대항해 시대의 이슬람 문명

3부. 노빈슨, 폭풍 속으로!
미행 / 위기일발 / 다태우스의 반란
: 해적선에 올라탄 사람들은 어떤 일을 했을까?
탈출 / 수정해골 / 수수께끼의 노파
: 특종 중의 특종! 구린데용이 봅은 해적 선장 베스트 5
즉석 두부 파티 / 기절초풍 대작전 / 구린데용과 나클래용의 비밀
: 잘나가는 해적선은 분명 따로 있다

4부. 수정해골의 저주
차도르를 쓴노파의 정체 / 돼지콧구멍 / 슬픈 이별 / 캡틴 솔로몬의 최후
: 해적 비밀 기지 잠입 르포
: 대항해 시대를 앞도한 중국인 정화의 모험

- 에필로그